早年求学
　　明熹宗天启四年正月十三日（1624年3月2日）魏禧出生在江西省宁都县城的一个富有家庭。父亲魏兆凤，字圣期，号天民。为人乐善好施，急人之难。崇祯初，学使陈懋德推荐兆凤，诏举孝友廉洁。不久，又推举他为师儒，通过巡抚叶成章上奏朝廷，天子遂下诏征聘。兆凤“以时方重资格，朝廷多党人，虽出，志不得行，俱不就”。当时学者称兆凤为“征君”。魏禧从小体弱，随父读书，就学乡里，他聪颖好学，博闻强记，才气过人，“十一岁补邑弟子，冠其曹”。他性格慷慨自信，乐于为人排忧解难，而且还喜欢与人谈论军事。孙静庵在《明遗民录》中评价他“善擘画理势，事前决成败，悬策而后验者十常八九”。他的这种预见性和洞察力不仅赢得同伴的信任和尊重，而且为以后安身立命，谋划隐居翠微峰打下基础。少年时代的魏禧有过远大抱负，十四岁时求学于同里杨一水先生门下，致力于科举考试，希望有朝一日金榜题名，成为国家有用之才。据杨墓表记载：先生诸弟子中，禧最晚进，事先生以诤子自任，常面诤先生，先生大悦，奇之，自是无大小事必尽言。然而1644年甲申之变使他的科举幻想破灭，此时他年仅二十一岁。他深痛国亡，把甲申之变归罪于科举“不得实用之才，有负朝廷”。于是弃科举，跟从姐夫邱维屏研习古文，从此走上了另一条治学之路。

据山抗清
　　顺治二年（1645）七月，由于南明降清将领引兵进入江西，江西人民的抗清斗争蜂拥而起。江西北部早在北京陷落前即遭张献忠部队的劫掠，因而军事力量削弱，地位动摇，在左良玉军持续过境以及清军自武昌进行追击时，则几乎完全瓦解。顺治三年，江西北部诸郡相继被清军攻破，战事移到赣南地区。江西南部南安、赣州二府是抗清斗争最激烈的地区。魏禧曾说：“赣州十二属邑，皆负山依阻，地迫闽粤，故昔称多盗，而天下稍稍有事，则蚁聚蜂起，揭竿假名义者，不可胜数。”因此这一带农民具有强烈的反抗精神。清军进占江西以后，他们勇敢的担负起抗清使命，组织各种武装，抗清起义大小数十处，遍及瑞金、石城、兴国、龙南、赣州、宁都等地，这些队伍同福建、广东的农民抗清斗争遥相呼应，声势很大。
　　顺治三年十月，经过半年的围城之后，赣州的战事异常惨烈。清军攻入赣州后，南明隆武朝兵部尚书兼东阁大学士杨廷麟督乡勇巷战，兵败投塘自尽。宁都一带饥民和抗清武装并起，他们占据城乡，斗争激烈。
　　宁都地处赣南山区，交通不便，信息闭塞。当明崇祯帝自缢的消息传到宁都时，魏氏父子“日往公庭哭临，食不甘味，寝不安席”。随后，清兵入关夺取了北京政权。魏禧与原兵科给事中曾应遴等当地官绅一道，积极筹划起兵勤王，其父魏兆凤首先破产相助，招募兵丁维持宁都地方社会秩序。社会的动荡不安，盗贼蜂拥而起，使许多有识之士希望通过团结互助结寨自保。宁都城西郊四十里有座金精山，周围数十里奇峰林立，著名的有十二座而翠微峰居其首。翠微峰是由许多壁立千仞的巨大石柱组成，由于数千年的风化，四面悬崖绝壁“削起百十余丈”，山势险峻，易守难攻，是一个避世隐居的理想之地。于是“事会盘错，指画灼有经纬，思患豫防，见几于早”的魏禧，选中了这远离尘嚣的“金精山第一峰”。变卖家产，雇人开凿石级阶梯，直通山顶，然后在山顶辟平地筑屋，挖池蓄水，种植蔬菜、谷物。他的同乡曾灿、邱维屏、李腾蛟等人也出资相助。顺治三年，清军进攻赣南，宁都局势陡然紧张起来，为避战乱，魏禧和几位友人举家隐居翠微峰。魏禧还派人在险要处置闸守望，并制订了严格的入山规约，如陌生人须由山寨人员陪同且不得带刀上山，黄昏后紧闭寨门等，使山寨更为安全，不受战乱兵灾的侵扰。其后宁都数次遭受战乱，1650年清军攻下农民军占领的宁都县城后，竟屠城，而翠微峰得以独完。营建翠微峰一定程度上显示出魏禧作为军事谋略家远见卓识的军事才能，《赣州府志》评价其“最辨古今得失，指陈时事，廉利透闻，独出手眼”。

治学游历
　　明末大儒顾炎武曾说过：“独学无友，则孤陋而难成，久处一方，则习染而不自觉……若既不出户，又不读书，则是面墙之士，无济于天下”。“性慷慨，尚气节”的魏禧深知交友的重要，他与兄祥、弟礼互为师友，三兄弟以文章闻名海内，人称“宁都三魏”。他姐夫邱维屏学识渊博，尤其精通古文，无师自通西洋算术。除此之外，他在隐居前就已结交了一批志趣相投人士，像“有儒者风，性诚厚爱人”的李腾蛟；“性情豪迈，性命肺腑之交”的同学曾灿；“重道义，有胆识”的彭任；政治阅历丰富，气宇非凡，“遇事感慨激昂”的南昌士人彭土望；“结交甚广，慨然有当世之志”的明宗室林时益（原名朱议滂，字确斋，明亡后更姓林），隐居翠微峰后他们经常围坐在一起读史，讨论《易经》，并把读书之地命名为“易堂”。人们称他们为“易堂九子”。魏禧所交的契友，有以谢文存为首的程山七子，宋之盛为首的髻山七隐，陈恭尹为首的广东北田五子，还有方以智、屈大均、姜宸英、恽日初、顾祖禹、施闰章、汪琬等。他交友的宗旨，一是在治学上能“相互切磋”，以便采他人之长，集思广益；二是在政治上还有隐蔽深远的意图，即多方结交那些“他日可为国家受大任，为生民匡大厄，足以济天下事”的朋友，一朝天下有变，时机到来，便可团结起来实施复国的大业。魏禧把见到彭土望、林时益比作“发醯鸡之覆而见天，取眢井之蛙而投之江河也。”而且他希望借助于林时益明室后裔的影响力，以翠微峰为基地建立一个秘密的反清复明团体。
　　念念不忘复明的魏禧十分自然地将兵学作为其一生治学中不可或缺的内容，他留心军事之学，于康熙六年（1667）编成《兵谋》、《兵法》。魏禧在《兵谋》中将《左传》用兵谋略概括为32种，各用一个字命名；在《兵法》中将《左传》用兵之法归纳为22个字。他在对每一种兵谋、兵法作简短的解释之后，例举《左传》中若干战例逐字加以说明，由于篇幅较短，没有分篇、章详细论述。魏禧军事著作中包含一些朴素的军事辩证法思想的用兵之道，与《孙子兵法》是一脉相承的。他把研究兵法和复兴古文结合起来，主张写有用于世的经世文章，魏禧写出一批经济世务的政论性散文，如《制科策》、《限田策》、《奄宦策》对当时的科举、田亩、官宦制度提出了改良主张。当时天下讲学，独易堂以古人实学为宗旨，提倡读书经世风气之振，由禧为之领袖。明末四公子之一方以智到翠微峰时感叹，“易堂真气，天下无两矣。”
　　清初变乱蜂起，清政府于顺治二年下了“剃发令”，男子不剃发者，“杀无赦”。这时魏禧等易堂九子只好隐居翠微峰自保，但时日一长，他们醒悟到僻居赣南，终不为人所知，“闭户自封”，难免会“封己自小”。魏禧认为学问必须通过阅历和实践，深感足不出户，难以开拓视野增长见识，同时为了更广泛地结纳各地的抗清志士，考察江浙一带的地理形势，以谋求恢复明朝的根据地，进行深入隐蔽的反清斗争。魏禧在三十九岁后先后四次到吴越等地交游考察。他每到一地必定访问名士，拜谒忠烈遗迹。与徐枋、金俊明、李天植、槁木等明遗民交结往来，颇得海内学者赏识，时称其“有古宰相才度”。魏禧的江淮吴越之游既是为了向社会生活学习、向他人学习，又是一种含有隐蔽反清意图的举动。经过一番游历，魏禧慨叹天下人才萎靡鲁莽，溃散无成时指出“方今之士，志弱者以天下事为难为，而吾非其人；志强者易视天下之事，不自知其不足。”魏禧以布衣交天下贤士，他所处境遇是困难而复杂的。康熙十七年（1677），严沆、余国柱、李宗孔等举荐魏禧上京应试为博学鸿儒，他坚辞不就，不肯仕清。由于清朝统治趋于巩固，民族矛盾已开始转化，阶级矛盾又在趋向缓和，全国反清形势转入低潮，因此他的活动没有取得实质性结果，魏禧于康熙二十一年十一月十七日病逝于江苏仪征游历途中，终年57岁。